Audit de conformité TVA à Genève pour PME : points clés, risques courants et processus en 2025
Introduction
Dans un contexte fiscal en constante évolution, la gestion de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) représente un enjeu majeur pour les PME de Genève et de Suisse romande. Face à la complexification des règles et à la multiplication des contrôles par l’Administration fédérale des contributions (AFC), chaque entreprise doit garantir la conformité de ses déclarations et de ses processus internes. Cet article vise à guider les dirigeants, responsables financiers et comptables dans la préparation d’un audit de conformité TVA en 2025, en s’appuyant sur les pratiques des experts d’Ark Fiduciaire.
Qu’est-ce qu’un audit de conformité TVA et qui est concerné ?
L’audit de conformité TVA est une revue exhaustive de l’application des règles liées à la perception, la déclaration et le paiement de la TVA. Il peut être initié à la demande de l’AFC ou à titre préventif par l’entreprise. En 2025, l’accent est mis sur la transparence, l’exactitude des opérations et la capacité à justifier tous les montants déclarés.
Toutes les entreprises enregistrées à la TVA en Suisse sont concernées, y compris les PME et les indépendants actifs dans des secteurs variés (commerce, services, activités transfrontalières, etc.).
Contexte réglementaire en 2025 : rappels essentiels
- Le taux normal de la TVA reste fixé à 8,1 % (après la modification de 2024), avec des taux spéciaux pour certains biens et services.
- Les règles de territorialité et d’exonération évoluent, en particulier pour les prestations de services numériques et les opérations impliquant des partenaires européens.
- L’AFC accentue les contrôles basés sur l’analyse de risques et l’automatisation (procédures Swissdec, e-facturation, etc.).
Sources officielles :
- Administration fédérale des contributions – TVA
- Lettre Circulaire AFC 2025 sur la surveillance renforcée des PME
Étapes d’un audit de conformité TVA
1. Préparation interne
- Revue des transactions : examiner factures de ventes et achats, notant les taux appliqués et la justification de chaque exonération ou assujettissement partiel.
- Vérification des pièces justificatives : s’assurer que toutes les transactions comportent un support valide (facture conforme, contrat, preuve de paiement).
- Validation des déclarations antérieures : identifier d’éventuelles corrections à apporter avant l’audit officiel.
2. Contrôle des processus et de l’organisation
- Cartographier les processus internes liés à la TVA (facturation, saisie comptable, suivi règlementaire).
- Mettre à jour la documentation de procédures comptables.
- Former régulièrement le personnel clé sur les nouvelles obligations (ex : prestations transfrontalières, franchise de TVA, droit à déduction).
3. Gestion de l’audit par l’AFC
- Préparer l’accueil des contrôleurs : assurer la disponibilité de l’équipe et de la documentation.
- Répondre rapidement à toute demande de complément d’information.
- Anticiper les questions types sur : les factures non conformes, les subventions/revenus accessoires, les services intragroupes.
4. Clôture et suivi des recommandations
- Mettre en œuvre immédiatement les recommandations ou correctifs demandés.
- Documenter les actions correctives pour les futurs contrôles.
Erreurs courantes relevées lors des audits de PME
- Application incorrecte du taux réduit sur des prestations non éligibles.
- Mauvaise gestion de la TVA sur les notes de frais ou les cadeaux d’affaires.
- Défaut de répartition des déductions sur les charges mixtes (usage personnel/professionnel).
- Oubli du reversement de la TVA sur services importés (taxation de la réception / autoliquidation).
Solutions concrètes pour renforcer la conformité TVA
- Externaliser la révision TVA à un fiduciaire : garantir une séparation des tâches, gagner en objectivité et profiter d’un benchmark sectoriel.
- Digitaliser la gestion documentaire : implémenter un ERP qui facilite le stockage et la recherche de justificatifs.
- Planifier des audits internes réguliers, même en dehors de toute obligation légale.
Quel est le rôle d’une fiduciaire genevoise dans la réussite de l’audit ?
Ark Fiduciaire accompagne les PME de Genève dans :
- L’analyse initiale des risques (diagnostic de conformité TVA)
- L’accompagnement lors du contrôle AFC (présence sur site, réponses argumentées)
- La formation des équipes internes sur les bonnes pratiques
- La mise en place de solutions d’archivage et d’outils digitaux (Odoo, intégrations Tierces)
- Le suivi post-audit (communications avec l’AFC, plan d’actions correctif)
Que risque une PME en cas de non-conformité ?
- Redressements fiscaux rétroactifs (avec intérêts) sur plusieurs années
- Pénalités administratives (amendes)
- Atteinte à la réputation et blocage de remboursements de TVA
Conclusion et conseils pratiques Ark Fiduciaire
Anticiper l’audit de conformité TVA est aujourd’hui un levier de sécurité et d’optimisation fiscale pour toute PME. Ark Fiduciaire propose un accompagnement structuré, sur-mesure et conforme au contexte de Genève en 2025 : préparation de l’audit, réalisation de contrôles internes, conseil en organisation et mise en conformité continue.
Pour en savoir plus sur nos services adaptés à votre secteur et votre structure, contactez nos experts.
Références officielles et liens utiles :