Digitalisation de la comptabilité en 2025 : nouvelles obligations, défis et solutions pour les PME à Genève

À partir de 2025, toutes les PME genevoises doivent digitaliser leur comptabilité pour se conformer aux nouvelles obligations fiscales et administratives. Ce guide pratique détaille les nouvelles exigences, les risques en cas de non-conformité, et propose des solutions concrètes pour réussir la transition.

Par Ark Fiduciaire

Publié le 13/11/2025

Temps de lecture: 3min (627 words)

Digitalisation de la comptabilité en 2025 : nouvelles obligations, défis et solutions pour les PME à Genève

Introduction

La digitalisation de la comptabilité n’est plus un choix, mais une obligation pour les PME à Genève dès 2025. Entre la fin du papier pour la TVA, les exigences accrues de conservation numérique des justificatifs et la nécessité de mettre à jour la sécurité des données, cette réforme bouleverse les pratiques de gestion. Quelles sont précisément ces nouvelles obligations ? Quels risques encourent les entreprises qui tardent à s’adapter ? Et surtout, comment réussir cette transition ?

Ce guide complet, rédigé par Ark Fiduciaire, répond point par point à ces interrogations. Vous y trouverez des comparatifs, des outils concrets et des conseils adaptés au contexte romand.


1. Les nouvelles obligations de digitalisation de la comptabilité en 2025

1.1. Généralisation des décomptes numériques

  • Nouvelle règle : À compter du 1er janvier 2025, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent remettre leurs déclarations exclusivement via le portail électronique de l’Administration fédérale des contributions (AFC). La transmission papier est abolie, sans période de transition.
  • Référence : AFC – TVA Digitalisation 2025

1.2. Conservation et archivage électroniques renforcés

  • Exigence : Tous les justificatifs comptables doivent être conservés sous format électronique, avec garanties de lisibilité, traçabilité et intégrité sur 10 ans (CO art. 958f).
  • Référence officielle : SECO – Comptabilité obligatoire

1.3. Sécurité et confidentialité des données

  • Actualisation : Les solutions digitales utilisées doivent garantir la protection des données personnelles et commerciales, conformément à la nouvelle Loi fédérale sur la protection des données (LPD 2023) et ses évolutions.

2. Les principaux défis pour les PME et indépendants genevois

2.1. Adapter ses processus internes

  • Analyse de l’existant : Pourquoi les tableaux Excel ou les registres papier deviennent insuffisants ?
  • Cartographie des flux documentaires et adaptation des circuits de validation.

2.2. Choisir la bonne solution logicielle

  • Critères : compatibilité Swissdec, conformité AFC, évolutivité, hébergement des données en Suisse, sécurité.
  • Comparatif entre logiciels standards et ERP sur mesure (ex : Odoo, Winbiz, Crésus).

Focus pratique :

  • Test du ePortal : Vérifier en amont la compatibilité de son infrastructure avec le portail AFC.

2.3. Former et accompagner ses équipes

  • Sensibilisation aux bonnes pratiques numériques.
  • Plan de migration et de formation continue.

3. Les risques en cas de non-conformité

  • Pénalités administratives : Pour tout retard ou défaut de transmission digitale (TVA), ou en cas de justificatifs non conformes (CO).
  • Perte de crédibilité : Non-respect des standards suisses et européens auprès de partenaires ou d’investisseurs.
  • Risques de cybersécurité : Exposure des données sensibles en cas de digitalisation mal sécurisée.

4. Solutions concrètes pour une transition réussie

4.1. Planifier la digitalisation

  • Audit préalable de l’existant, choix de la solution logicielle, plan de migration étape par étape.

4.2. Externaliser pour sécuriser

  • Délégation à un fiduciaire spécialisé pour la gestion comptable digitalisée.
  • Rôle d’Ark Fiduciaire : accompagnement sur-mesure, mise à disposition d’une solution ERP cloud certifiée, hotline technique.

4.3. Documenter et automatiser

  • Centralisation des pièces, automatisation de la saisie, archivage digital à valeur probante.
  • Mise en place de tableaux de bord accessibles en temps réel.

5. Questions fréquentes

  • Faut-il digitaliser la totalité de l’historique ?
  • Comment choisir entre conservation locale et cloud ?
  • Quelles certifications exiger de son prestataire ?
  • Quels sont les délais légaux de conservation des données digitalisées ?

Conclusion

La digitalisation de la comptabilité n’est plus simplement un levier de productivité : elle constitue désormais un prérequis légal pour la conformité des PME dès 2025. Pour anticiper et tirer profit de cette mutation réglementaire, mieux vaut préparer ses outils, former ses collaborateurs et s’entourer d’un partenaire capable de sécuriser chaque étape.

Ark Fiduciaire, à Genève, vous accompagne pour relever ces défis et transformer la contrainte en véritable atout stratégique.


Pour aller plus loin

  • Guide digitalisation AFC (instructions officielles)
  • FAQ SECO sur la comptabilité dématérialisée

Références

LPP 2025 : réformes, nouvelles obligations et impacts pratiques pour les entreprises et indépendants à Genève

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